真空冷凍干燥機可以除去壓縮空氣中的水分（可除去≥90%的飽和水蒸汽），如果后部管路仍有大量水分，必須對真空冷凍干燥機進行檢查。
    自動排水閥不自動排水：入口濾網堵塞；浮球破裂或未打開；水桿卡死；使用壓力過高；電磁線圈燒毀等情況。
    干燥機蒸發溫度過高：真空冷凍干燥機入口溫度過高；機房環境溫度過高，散熱器冷凝器堵塞無清洗；熱氣旁路閥調節過大；空壓機連續運轉但壓力過低、現場用氣量過大。
    真空冷凍干燥機蒸發溫度過低：冷凍系統制冷劑泄漏；干燥過濾器堵塞；膨脹閥堵塞/損壞； 防凍開關損壞風扇連續運轉。
    空壓機馬力與冷干機不匹配。
    真空冷凍干燥機空氣管路中旁路閥未關緊。
    開機順序錯誤（先開干燥機運轉5min后再開空壓機）。
    除此之外，可能造成除水效果不良：壓縮空氣管路旁通閥門未關閉、真空冷凍干燥機內部前置換熱器內漏、排水器不良。
    在充注不足的情況下，壓縮機會在無額定負荷下運轉，從而造成真空冷凍干燥機出現輕負荷運轉或空轉，電流低于額定電流；使蒸發器內的蒸發量下降，致使制冷量下降而導致制冷效果變差，室溫或庫溫下降緩慢或不降溫。
    擬定運轉方案，若操控效能，堅持安全運轉，并制定詳細的使用方案，禁止出現超負荷運轉，反之，將嚴重影響真空冷凍干燥機的運行質量。
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